配有冷运行的LED蓝色或可选的白色光源。蓝色光源激发染料及荧光素，波长为450-500nm，峰值为470nm。光源位于仪器最底层，光源上放置一个只能透过蓝色可见光的蓝色滤色片，其它绿色、橙色、红色等可见光不能透过这个滤色片，光源发出的光经过蓝色滤色片产生蓝色激发光，激发凝胶中已和核酸结合的染料产生荧光，这些荧光透过观测口处的橙色滤色片，可被观测或照相。由于蓝色背景光不能透过橙色滤光片，所以不会影响观测。 可以激发以下染料及荧光素：

· SYPRO 染料, SYBR 金/绿/安全染料
· 荧光素/FITC, GelStar
· GFP
· 化学荧光物质, EB
· Rhodamine若丹明
· 可见染料，Silver-stain，Coomassie蓝
· 放射照像胶片及更多…

SYBR及SYPRO是Molecular Probes,Inc公司商标。